1521, im Alter von 30 Jahren, begann er Religion zu studieren. Der Grund waren die militärischen Ereignisse von – die Belagerung der spanischen Stadt Pamplona durch die französischen Truppen. Während der Kämpfe wurde Loyola durch – verletzt. Eine der Kanonenschalen zerdrückte sein Bein und brach eine weitere mit einem Fragment der zerstörten Mauer. Aber Loyola verließ das Schlachtfeld nicht, was die französische Wertschätzung einbrachte. Ein mutiger Offizier wurde zur Behandlung in das Haus seines Vaters – – geschickt, was Loyola, wie die Geschichte sagt, nicht weniger Schmerzen und Leiden brachte als Verletzungen in Schlachten.
Mehr als ein Jahr lang behandelte Loyola fragmentierte Beine, die Ärzte taten ihr Bestes, um die Knochen zu spleißen, aber das Ergebnis befriedigte Loyola nicht. Außerdem störte sich zuerst der aus dem Knie ragende Knochen, als er auf Befehl von Loyola – ging und den Knochen sägte. Dann stellte sich heraus, dass ein Bein kürzer wurde als das andere – Ignatius befahl, Zahnersatz zu machen, um sein Bein zu strecken. Die Prothesen waren Folter, und infolgedessen war Loyola immer noch lahm.
Gerade während der Behandlung liest Ignatius eine große Anzahl von Büchern, die zu einem Ausgang im Kampf gegen Krankheit und Leiden geworden sind. Religiöse Bücher wurden im Familienschloss aufbewahrt, « Das Leben Jesu » und das Leben der Heiligen. Es gibt eine Version, die diese Bücher Ignatius von seiner Mutter angeboten wurden, um die körperliche, aber noch wahrscheinlichere geistige Qual seines Sohnes zu erleichtern. Die Bücher drehten die Loyola-Idee des Friedens, des Seins und seines eigenen Schicksals und im Frühjahr 1522 verlässt er das Schloss für das Kloster. Nachdem er die Nacht im Gebet vor der Ikone verbracht hatte, wechselte er die Ritterrüstung in die rauen Kleider des Einsiedlers...
1534 gründete Loyola den Jesuitenorden, genannt « Gesellschaft Jesu » ( Gesellschaft Jesu ). Ziel des Ordens war es, die Macht des Papstes zu stärken, was wiederum erreicht werden konnte, indem die Lehren der Jesuiten in die Umgebung reicher und herrschender Kreise verschiedener Staaten eingedrungen wurden. Die Jesuiten versuchten auch, engen Kontakt zu prominenten politischen Persönlichkeiten aufrechtzuerhalten, ignorierten die landwirtschaftliche und finanzielle Aristokratie nicht, so dass sie durch sie durch die Verfolgung päpstlicher Gesetze einen erheblichen Einfluss auf das politische und öffentliche Leben haben würden.
Mit anderen Worten, der Jesuitenorden diente dazu, das wackelige Ansehen der katholischen Kirche zu stärken. Die Charta des neuen religiösen Mönchsordens wurde vom Papst gebilligt, und Loyola selbst wurde zum ersten Kardinal des Ordens gewählt. Der Patient Loyola war bis zum letzten Tag seines Lebens Kardinal des Ordens und starb am 31. Juli 1556 in Rom, ohne einen Nachfolger ernannt zu haben.
Die Architektur Spaniens erinnert an Ignatius Loyola. In der Nähe der Stadt Aspeitia ( Azpeitia ) befindet sich eine große Basilika aus dem 18. Jahrhundert, Santuario de Loyola, die zu einem Denkmal für den in diesen Teilen geborenen heiligen Ignatius geworden ist.