День цивільної авіації Киргизстану, що відзначається щорічно 7 жовтня, встановлено Постановою Уряду Киргизької Республіки № 738 від 3 жовтня 1994 року, надаючи особливої значущості цивільної авіації, враховуючи її неоціненний внесок у розвиток економіки, культури, галузей народного господарства.
Історія цивільної авіації Киргизької Республіки розпочалася з Постанови Ради Народних Комісарів Киргизької АРСР 1933 року. Першим аеропортом був цілинний майданчик у районі приміського села Папенівка, начальником якого було призначено випускника Ленінградського інституту цивільної авіації Н.К. Батов, який приїхав до міста Фрунзе у 1933 році за напрямом після інституту. Літакний парк складався із трьох літаків У-2, спеціального сільськогосподарського призначення.
У жовтні 1933 року з Фрунзенського аеродрому злетів маленький літак У-2, який пілотував Микола Єске з авіатехніком на борту Євген Балакші. Вони здійснили перший переліт через гірські хребти Кунгей та Киргизький на висоті 3500 метрів, тим самим визначивши можливість проходження через перевали та відкриття нової траси Фрунзе — Рибальське — Пржевальськ. Свою роботу розпочала лінія Пішпек — Ташкент — Алма-Ата.
7 жовтня 1933 року газети писали з цього приводу під заголовком «Перший рейс»: «Остання перемога нашої авіації — це хребет Кунгей Ала-Тау, що став над рівнем моря на 4575 метрів, грізні повітряні ями, люті вітри «. Найважчий повітряний шлях Фрунзе — Рибаче — Пржевальськ взятий сміливістю, ентузіазмом та точними розрахунками наших відважних пілотів, які провели літак через Токмак, Рибальське, Сазанівку...».
Бурхливий розвиток цивільна авіація Киргизстану набула у 60-ті роки 20 століття. Незабаром починають експлуатуватися транспортні літаки Іл-18 та Ан-24. Відбувається бурхливе зростання технічної оснащеності. У наступні роки було зведено численні об'єкти служб аеропортів міст Фрунзе, Ош, житлові будинки, розширено аеровокзали у всіх аеропортах внутрішніх повітряних ліній.
В даний час головні повітряні ворота країни — Міжнародний аеропорт «Манас» — один з найбільших та найсучасніших аеропортів у Центральній Азії. Аеропорт забезпечує міжнародні та внутрішні перевезення, здатний приймати всі типи повітряних суден і має найдовшу в регіоні штучну злітно-посадкову смугу. Аеропорт «Манас» розташований в центрі Чуйської долини і знаходиться за 23 кілометри на північний захід від столиці держави — міста Бішкека.
Державне регулювання діяльності в галузі цивільної авіації з метою забезпечення безпеки польотів повітряних суден, авіаційної безпеки та якості робіт та послуг здійснює Державне агентство цивільної авіації Киргизької Республіки.