Im Jahr 1521, im Alter von 30 Jahren, begann er, Religion zu studieren. Anlass waren die militärischen Ereignisse – Belagerung der spanischen Stadt Pamplona durch französische Truppen. Während der Kämpfe wird Loyola verletzt, als eine seiner Kanonengranaten sein Bein zerquetscht und die andere mit einem Stück einer eingestürzten Mauer zerbricht. Doch Loyola verließ das Schlachtfeld nicht, was ihm hohes Lob der Franzosen einbrachte. Der mutige Offizier wurde zur Behandlung in das Haus seines Vaters – Stammburg – geschickt, was Loyola, wie die Geschichte erzählt, nicht weniger Schmerz und Leid brachte als Wunden in Schlachten.
Mehr als ein Jahr lang behandelte Loyola seine zerquetschten Beine, die Ärzte unternahmen alle Anstrengungen, um die Knochen zu verschmelzen, aber das Ergebnis befriedigte Loyola nicht. Darüber hinaus störte zunächst der aus dem Knie ragende Knochen das Gehen von – auf Loyolas Befehl, der Knochen wurde abgesägt. Dann stellte sich heraus, dass eines seiner Beine kürzer wurde als das andere. – Ignatius befahl die Herstellung von Prothesen, um sein Bein zu strecken. Die Prothesen waren eine Qual, weshalb Loyola immer noch lahm blieb.
Schon während der Behandlung liest Ignatius eine Vielzahl von Büchern, die zu einem Ventil im Kampf gegen Krankheit und Leid geworden sind. Das Familienschloss beherbergte religiöse Bücher, «Life of Jesus» und Leben von Heiligen. Es gibt eine Version, dass diese Bücher Ignatius von seiner Mutter angeboten wurden, um die körperlichen, aber noch wahrscheinlicheren seelischen Qualen seines Sohnes zu lindern. Die Bücher brachten Loyolas Vorstellung von Frieden, Sein und seinem eigenen Schicksal auf den Kopf und im Frühjahr 1522 verlässt er das Schloss und geht in ein Kloster. Nachdem er die Nacht im Gebet vor der Ikone verbracht hatte, änderte er seine Ritterrüstung in die raue Kleidung eines Einsiedlers...
Im Jahr 1534 gründete Loyola einen Jesuitenorden namens Society of Jesus. Zweck des Ordens war die Stärkung der Macht des Papstes, was wiederum durch das Eindringen der Lehren der Jesuiten in die reichen und herrschenden Kreise verschiedener Staaten erreicht werden konnte. Die Jesuiten strebten auch danach, enge Beziehungen zu prominenten politischen Persönlichkeiten aufrechtzuerhalten und ignorierten die Agrar- und Finanzaristokratie nicht, um durch sie spürbaren Einfluss auf das politische und öffentliche Leben auszuüben und päpstliche Gesetze zu erlassen.
Mit anderen Worten, der Jesuitenorden diente dazu, das wackelige Ansehen der katholischen Kirche zu stärken. Die Charta des neuen religiösen Mönchsordens wurde vom Papst genehmigt und Loyola selbst wurde zum ersten Kardinal des Ordens gewählt. Nachdem er bis zu seinem letzten Lebenstag als Kardinal des Ordens gedient hatte, starb der kranke Loyola am 31. Juli 1556 in Rom, ohne einen Nachfolger zu bestimmen.
Die Architektur Spaniens bewahrt die Erinnerung an Ignatius Loyola. In der Nähe der Stadt Azpeitia gibt es eine grandiose Basilika aus dem 18. Jahrhundert, Sanctuario de Loyola, die zum Denkmal des Heiligen Ignatius wurde, der in diesen Teilen geboren wurde.