У незалежному Киргизстані День прикордонника (Киргизстандин чегарачисинин күнү), що відзначається 28 травня, був вперше встановлений Постановою Уряду Киргизької Республіки № 696 від 15 грудня 1999 року, з метою формування традицій прикордонної служби.
Свою історію свято веде ще з радянських часів, коли було встановлено у 1958 році. А історичною подією, що стала основою для вибору дати свята, стала установа Декретом Ради народних комісарів 28 травня 1918 Прикордонної охорони кордону РРФСР.
23 травня 2003 року Постановою Уряду Киргизької Республіки № 303 святкування Дня прикордонника 28 травня було скасовано та встановлено нову дату — 29 жовтня.
Відсвяткувавши двічі День прикордонника Киргизької Республіки 29 жовтня, на підставі Постанови Жогорку Кенеша Киргизької Республіки від 26 травня 2005 року № 296-III, враховуючи звернення ветеранів прикордонної служби Киргизької Республіки, з метою продовження усталених традицій прикордонників Республіки, Уряд вирішив повернути історичну дату — 28 травня.
Після розпаду Радянського Союзу питання охорони зовнішніх рубежів, зокрема киргизько-китайського кордону, були делеговані прикордонним військам Російської Федерації. Після виведення підрозділів Федеральної прикордонної служби Росії, з метою захисту та охорони державного кордону, забезпечення суверенітету, територіальної цілісності та недоторканності країни, Указом Президента Киргизької Республіки УП № 131 від 28 травня 1999 року було утворено національну прикордонну службу.
Прикордонна служба Киргизької Республіки — єдиний державний орган у системі виконавчої влади, призначений для охорони та захисту державного кордону, здійснення прикордонного контролю, запобігання та припинення порушень режиму державного кордону, посягань на суверенітет та територіальну цілісність Киргизької Республіки.