Преподобний Ніл Столобенський народився наприкінці 15 століття Новгородської області Деревської П'ятини Жабенського цвинтаря. Яке ім'я він носив у світі — невідомо. Про батьків преподобного відомо лише те, що вони були селянами та людьми благочестивими. Залишивши батьківський будинок, преподобний пішов у Псковську область у Крипецький монастир, де й прийняв постриг з ім'ям Ніл на честь преподобного Ніла Постника.
У 1515 році преподобний Ніл, зважившись на пустельне життя, з благословення ігумена залишив Крипецький монастир і пішов у лісову пустелю біля річки Серемхи в Ржевському повіті. 13 років трудився преподобний у дрімучому лісі в безперервній лайці з підступами диявола. Одягаючись у страшних звірів, зміїв і гадів, біси прямували на святого з диким свистом і криком. Святий же, як мечем, відбивав демонські напади хресним знаменням та старанними молитвами.
Через кілька років чутка про богоугодне життя преподобного поширилася навколишніми селищами, і багато хто став приходити до святого за молитвою і настановою. Всі, хто приходив, отримували від нього, як від невигадливого джерела премудрості і благочестя, велику втіху, і преподобного Нілу звеличували похвалами за його чудові подвиги та милосердя. Тяжко було смиренному подвижнику від похвал людських. Він вважав себе таким, що не утвердився в добрі, а популярність свою — небезпечною для душі. Сильно захотів він безмовності і почав вдень і вночі молитися Богові та Пречистій Його Матері про те, щоб наставили його на шлях спасіння.
Якось під час відпочинку після молитви преподобний почув голос: «Ніл! Іди на озеро Селігер, там на острові Столобенському можеш урятуватися». Святий подвижник почав розпитувати людей, що приходили до нього, про цей острів. Дізнавшись, що цей острів знаходиться за сім верст від міста Осташкова, що місце це пустельне, і ніхто там не живе, преподобний в 1528 році залишив Серемхську пустель і з радістю вирушив у дорогу. Прийшовши на острів, преподобний Ніл побачив, що місце це дуже зручно для відокремленого безмовного житія, і оселився там.
Столобенський острів дуже невеликий. На ньому ріс віковий ліс, де визрівало безліч ягід. Преподобний Ніл полюбив це гарне місце, оточене з усіх боків водами Селігера. Святий подвижник викопав у горі невелику печеру, де прожив зиму. З настанням весни він побудував собі на тій же горі невелику келійку та каплицю. У суворій усамітненні преподобний почав свою працю і подвиги, радіючи духом, підносячи розум свій до небесного, думаючи завжди про годину смертну і про праведну відплату в майбутньому житті. Відпочивав преподобний стоячи, спершись на вбиті в стіну «гаки».
Їжу він видобував своїми працями: він обробляв землю мотикою, сіяв хліб і садив овочі. Але диявол і тут не переставав озброюватися на святого і лякав його всілякими видіннями. Так, одного разу диявол з'явився з цілим полчищем бісів і оточив келію преподобного, коли той звершував у ній свою молитву; оточивши келію мотузками, диявол з шаленим криком загрожував стягнути її в озеро, але святою молитвою відігнав бісівське полчище.
За свої подвиги і терпіння напастей преподобний Ніл Столобенський прийняв дар прозрівати таємні справи людей і тих, хто грішить, спрямовувати на шлях істини. Богобоязливі жителі, що займалися поблизу острова рибальством, шануючи святого, посилали йому на їжу рибу.
Преподобний трудився на острові Столобенському 27 років і ще до смерті своєї скопав у каплиці собі могилу і поставив там труну. Приходячи туди щодня, він плакав над труною про свої гріхи. Коли нарешті святий відчув наближення смерті, то благав Господа удостоїти його причастя Святих Тайн. За молитвою святого, бажання його здійснилося. На острів прибув ігумен Микільського монастиря Сергій і причастив подвижника Святих Тайн. Після причастя преподобний Ніл увійшов у келію, створив звичайні молитви і, взявши кадильницю, окадив святі ікони та всю келію. Потім, спершись руками на дерев'яні гаки, на яких він зазвичай відпочивав від тілесної втоми, перестав до Господа (1554).
На місці подвигів преподобного Ніла Столобенського в 1594 ієромонахом Германом був заснований Богоявленський Ніло-Столобенський монастир, відомий як Нілова пустель. Набуття мощів преподобного Нілу відбулося 27 травня (за старим стилем) 1667 року. Цього дня було встановлено щорічне святкування. Нині святі мощі преподобного Ніла Столобенського спочивають у Богоявленському соборі монастиря.
За новим стилем пам'ять святого святкується Російською Православною Церквою 20 грудня (преставлення) та 9 червня (набуття мощів).